La chiesa sorge sul luogo di un precedente edificio religioso eretto nel 1137 quando venne donato un terreno per edificare una chiesa in onore di Sant’Ilario.
Complessa è la storia dal punto di vista religioso per i diversi ordini che hanno retto l’annesso convento.
Nel 1716 viene iniziata la fabbrica del nuovo complesso religioso che viene terminato nel 1766. 
La nuova chiesa venne progettata con un orientamento rovesciato rispetto a quella antica con l’ingresso quindi verso il centro della città anziché verso l’esterno.
La facciata è rimasta incompiuta e rivela, nella parte inferiore, l'intenzione di adeguarsi a forme stilistiche barocche, mentre la parte superiore è ancora allo stato iniziale e rustico. 

L'interno è a navata unica con cappelle laterali a volta, ed è decorata ad affreschi settecenteschi, attributi a Giovanni Battista Zaist, racchiusi in eleganti cornici a stucco. 
Si segnalano: nella seconda cappella a destra, sopra l'altare, due quadri - un ovale rappresentante La Madonna con Sant’Anna e San Gioacchino di Francesco Boccaccino, l'altro Il transito di San Giuseppe di Carlo Picenardi; sulla parete destra del coro Sant’Ilario vescovo, Santa Apollonia e Santa Caterina, attribuito a Giulio Campi, e a sinistra La Vergine con Bambino e San Gerolamo di Antonio Campi (1546), nell'ultima cappella a sinistra l'opera di Angelo Massarotti L'Immacolata con Santi e Angeli e la famiglia Felice da Pardo, governatore spagnolo di Cremona (1688). 
Alcune opere poi provengono dagli attigui monasteri stati soppressi tra la fine del XVIII secolo e l’inizio del XIX; si segnala la statua dell’Angelo custode di Giulio Cesare Procaccini nonché il gruppo ligneo con la Madonna e San Giovanni Evangelista.