Il nucleo originario del Museo Civico di Storia Naturale di Cremona è costituito dalla collezione che il Marchese Giuseppe Sigismondo Ala Ponzone (1761-1842) lasciò in dono a Cremona perché fosse messa "a profitto degli studiosi di questa città" e che occupa la prima sala del museo.

Segue il percorso sistematico (sale 2-5), con le sezioni:  
    • mineralogica comprende numerosi pezzi, campioni macroscopici e/o microscopici, per ciascuna classe di minerali.
    • paleontologica comprende alcuni piccoli nuclei appartenenti a diversi momenti geologici, oltre a una collezione di vertebrati quaternari, in continuo incremento, particolarmente interessante per il territorio cremonese. Le collezioni sono esposte secondo il criterio cronologico: Era Paleozoica: filliti (Belgio); Era Mesozoica: ammoniti (Furlo); Era Cenozoica: pesci (Bolca); Era Neozoica: vertebrati (Pianura Padana).
    • zoologica conserva pezzi che presentano il quadro della sistematica animale. Le collezioni sono esposte secondo il criterio evolutivo. Gli organismi unicellulari vengono proposti in laboratorio attraverso osservazioni al microscopio. Degli invertebrati viene proposto qualche esempio relativo a: poriferi,cnidari,  molluschi, artropodi (insetti) ed echinodermi. Dei vertebrati sono rappresentati, invece, esempi di pesci, anfibi, rettili, uccelli e mammiferi.

Sala 6 – Ambiente nautrale e ambiente urbano
La sala è dedicata a una collezione costituita prevalentemente da fauna presente in provincia di Cremona. La selezione che ha permesso l'allestimento di piccole ambientazioni; in particolare sono raggruppate alcune delle specie più facilmente riconoscibili in ambienti prossimi ai fiumi, oppure nelle piccole aree boschive residuali e specie caratteristiche di ambienti fortemente antropizzati, come la campagna coltivata e la città, e una nuova dedicata agli animali notturni.

Sala 7 – Sala della biodiversità
La saletta conserva alcuni animali imbalsamati di specie presenti a Cremona fra il secolo XVIII e oggi, e il percorso ripropone gli effetti degli interventi umani sugli equilibri di flora e fauna.

Sala 8 – Aula didattica
L’aula didattica è a disposizione per svolgere attività con le scuole sia cremonesi sia proventienti da altre città.

Completano il percorso museale la galleria che viene usata per allestire le mostre temporanee e una ricca biblioteca per bambini di circa 10.000 volumi.

Ingresso gratuito.