È sicuramente una delle chiese più antiche della città e sorge in una zona che fin dal Medio Evo era definita “La Mosa”, trattandosi di un’area bassa e acquitrinosa.
L’attuale edificio sacro è conseguente ai lavori di ampliamento di una primitiva piccola chiesa e che si conclusero nel 1484 (incerta è la data di inizio) come è attestato da un’iscrizione al centro del catino absidale.
All’intitolazione  originaria a San Clemente venne aggiunta quella di Santa Maria Maddalena per il trasferimento di un simulacro della santa.

L'interno presenta una sola navata con cappelle laterali e possiede pregevoli affreschi: si segnala il polittico di Tommaso Aleni (ascrivibile ai primi anni del Cinquecento) con al centro l’Adorazione del Bambino e nella predella le Storie di Santa Maria Maddalena e San Clemente. Quindi l’opera del Genovesino il Miracolo della Madonna che riattacca la mano a San Giovanni Damasceno, nonché opere di Vincenzo Campi e Genovesino e Luca Cattapane.